Durante la seduta il terapeuta raccoglie la storia del pazienze per identificare i ricordi degli eventi che hanno contribuito a sviluppare i sintomi; il paziente viene accompagnato a compiere delle stimolazioni bilaterali o movimenti oculari destra-sinistra che hanno lo scopo di favorire una migliore comunicazione tra gli emisferi cerebrali.

Dopo l'EMDR il paziente ricorda ancora l'evento ma sente che fa parte del suo passato: le emozioni e le sensazioni fisiche si riducono e i sintomi vengono attutiti e possono anche retrocedere totalmente.